Die heutige Orgel verdanken wir einer glücklichen Fügung.
Die im Neubau von 1955 verwendete Orgel war die überarbeitete Orgel der Notkirche gewesen. 1965 bekam Heilig Geist dann endlich eine neue Orgel, doch diese litt im Laufe der Jahre mehr und mehr. 1998 stand dann fest: Eine Renovierung würde praktisch nichts mehr helfen, in längstens fünf Jahren würde die Orgel kaum mehr spielbar sein.
Nach mehreren vergeblichen Lösungsversuchen erfuhr Pfarrer Miorin , dass „in einer Maschinenhalle in der Umgebung von Gilching eine Orgel stehe, die abgebaut und verkauft werden solle. … Ein Gutsbesitzer, der ein begeisterter Organist war, hatte sich ein eindrucksvolles Instrument auf seinem Gehöft erbauen lassen, das Professor Kaul Maureen, München, konzipiert und für das er auch die Disposition erstellt habe.“ (Festschrift zur Segnung der neuen Orgel). Seit dem Tod des Gutsbesitzers wurde das Instrument nicht mehr benutzt. Der Preis, der verlangt wurde, war sehr günstig, auch wenn die Kosten für Ab- und Aufbau, für die Überholung des Werkes, Neu-Intonation, Behandlung der Pfeifen, Renovierung der Orgelempore hinzukamen. „Wir hätten uns eine neue Orgel in dieser Größe nie leisten können, hätten sicher 1,3 Millionen DM bezahlen müssen, und hätten Jahre, wenn nicht Jahrzehnte auf eine solche Lösung hinsparen müssen.“ Am Patrozinium am Pfingstfest 2002 konnte die neue Orgel eingeweiht werden.
